Quelles bactéries participent à l'épuration biologique d'une récifal ?

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Quels types de bactéries participent à l'épuration biologique d'un récifal ? 

    Voici le genre d'article dont la lecture peut très vite devenir laborieuse pour les aquariophiles sans formation en biologie. D'ailleurs, je n'ai pas souvenir d'avoir déjà aperçu sur le net, même à travers les réseaux aquariophiles anglophones, un article citant spécifiquement les espèces de bactéries utiles à l'épuration complète d'un récifal. 

Rassurez-vous, il ne s'agit pas de rentrer dans les détails scientifiques de l'épuration bactérienne mais simplement de citer différentes types de bactéries qu'un récifal biologiquement épuré ( tout, ou en partie comme les Jauberlinois ou vrai berlinois )  doit impérativement héberger. 

Une première question doit se poser :

Comment sans moyen d'observation de labo et de connaissances scientifiques spécifiques puis-je savoir comment est composée la population de bactéries dans mon bac ?  

La réponse est simple : toutes la bactéries utiles seront potentiellement présentes dans un récifal écologiquement constitué, autrement dit dont la gestion n'est pas totalement confiée à une usine mécano-chimique. Cela dit, le seul moyen de maintenir une population bactérienne riche en diversité spécifique est de réensemencer régulièrement ( au moins deux fois par an ). C'est pour cela que j'ai toujours personnellement cultivé des bactéries sur pouzzolane dans des bacs spécifiques, bien avant d'avoir l'idée de les commercialiser. Pour moi l'ajout de bactéries ( fraîches ! ) fait partie de l'entretien normal d'un récifal. Oui je sais j'en vends... mais même si cela n'était pas le cas le principe serait tout de même valable ! 

Pourquoi au fait suis-je à ce point certain que toutes les bactéries utiles sont forcément présentes dans tous les bacs un minimum naturels ? Parce qu'en fait cette population se définit écologiquement par la nature de la charge polluante à traiter. Comme en milieu sauvage correspondant notre aquarium devra traiter des déchets carbonés, azotés ou phosphatés ; donc y seront "éco-logiquement" présentes les bactéries adaptées à ce travail !  A condition qu'elles y ait été introduites ( la génération spontanée cela n'existe pas ! ) chaque type de bactérie est capable de sommeiller ( spores ) jusqu'à ce que l'élément à traiter lui convenant spécifiquement soit présent dans le bac.

Il ne s'agit pas d'énumérer de manière exhaustive toutes les bactéries intervenant dans l'épuration biologique d'un aquarium récifal mais de citer les trois genres principaux afin de mesurer à quel point la population de bactéries joue un rôle crucial dans nos écosystèmes. 

Les bactéries nitrifiantes

Nitrosomonas, Nitrobacters. Ce sont les bactéries les plus connues des aquariophiles puisque ce sont elles qui oxydent l'ammoniac en nitrites, puis le nitrites en nitrates. Capables de supporter des taux de pollution extrêmes, ce sont celles qui finissent généralement par dominer exclusivement un bac qui n'est pas réensemencer par des souches bactériennes fraîches.  

Les bactéries dénitrifiantes

Thiobacillus denitrificans​. On les trouvent en quantité acceptable dans les récifaux berlinois barre-bottom ( sans sable ) bien pourvus en pierres vivantes. Elles sont  en quantité optimale dans les récifaux avec lit de sable, d'autant plus si ce sable est en couche épaisse. Lorsque ces bactéries colonisent des zones du substrat  ( pierre et/ ou sable ) pauvre en oxygène ( anoxiques ) elles puisent ce gaz vital au sein même des nitrates, transformant ainsi ces derniers en entités gazeuses se volatilisant dans l'atmosphère à la surface du bac. 

Les bactéries déphosphatantes 

Moraxella, Acinetobacter. Elles sont presque totalement ignorées par le monde des récifalistes, comme si les phosphates étaient des déchets échappant à la dynamique d'épuration prévue par la nature ! Il faut dire que leur manière de traiter les phosphates est complexe à expliquer et à comprendre. Ces bactéries à la fois aérobies et anaérobies sont capables intrinsèquement de se répartir deux tâches qui permettent le traitement du phosphore. En zone aérobie elles stockent le phosphore, puis quand elles pénètrent les zones profondes d'un DSB ( privé d'oxygène ) elles le relarguent pour qu'il se lie aux oxydes de fer naturellement présent dans le sable, précipite et soit retenu prisonnier du substrat sous forme minéral. 

Les autres bactéries utiles e aquarium récifal

Après avoir cité les trois types de bactéries indispensables à l'épuration biologique d'un récifal nous pourrions évoquer quasiment l'existence d'un type particulier de bactérie adapté pour chaque "matériau" différent à traiter. Ainsi, juste pour l'exemple, parlons des bactéries méthanotrophes. Des familles Methylococcaceae et Methylocystaceae, ce sont des bactéries aérobies qui utilisent le méthane comme source de carbone. Ainsi, une éventuelle production de méthane en zone anaérobie par des Archéobactéries méthanogène serait immédiatement prise en charge par ces bactéries utiles spécialisées. 

Des bactéries anti-cyanobactéries en récifal ? 

Bien entendu je suis incapable, à l'instar de la science, de nommer une bactérie anti-cyano. Sauf, et nous en avions déjà parlé dans cet article " Comment en finir avec les cyanobactéries en aquarium " il y a un certain rapport entre l'état de la population bactérienne et le développement des cyanobactéries en aquarium. Quelle bactéries occupent précisément la même niche écologique que les cyanobactéries, avec exactement les mêmes besoins bio-géo-chimiques ? Il y en a une c'est une certitude et c'est quand elle n'est plus présente potentiellement dans nos bacs que la cyano peut s'épanouir, profitant alors d'autres facteurs que nous identifions faussement comme la cause de sa prolifération. 

Tout cela pour dire que...

Cet article succinct et volontairement simplifié a surtout pour objectif de démontrer une fois de plus que la Nature est bien faite, en tout cas en ce qui concerne l'aquariophilie. Dans un aquarium équilibré, ce qui est produit d'un côté comme facteur de pollution est logiquement traité de l'autre par des "agents" de traitement bénéfiques. Ce principe écologique peut paraître un peu naïf et simplet quand il est dit aussi bonnement ; il n'empêche que la Vie tend toujours à son épanouissement en opposant systématiquement un moyen vivifiant à une attaque morbide, en l'occurrence en mobilisant une armée de bactéries utiles aux bactéries malfaisantes ( relativement à notre écosystème captif ) qui cherchent à nuire à sa santé.

Alors oui, les sceptiques feront valoir que parfois les "gentils" ne l'emportent pas malgré leur bonne volonté. Que répondre ? Et bien que rien n'empêche dans ce cas d'apporter un renfort mécanique ou chimique à l'armée biologique défaillante ; si un récifal est malade il faut bien entendu faciliter sa guérison. Mais cette défaillance occasionnelle vaut-elle que nous retirions totalement notre confiance en la Nature et que nous la remplacions à ce point ( récifaux aseptisés et sous perfusion ) par des machines, des stérilisateurs électriques et des intrants chimiques divers ?